Hiện tại, các di chỉ lâu đời nhất được xác nhận là di chỉ Bãi biển Tuguru. Do các công cụ đồ đá theo phong cách phương nam đã được tìm thấy nên người ta cho rằng một nền văn hóa chịu ảnh hưởng của khu vực Đông Nam Á đã từng tồn tại ở Yonaguni.

Sau thời điểm này, lịch sử của hòn đảo Yonaguni vẫn còn chưa rõ ràng, nhưng trong thời kỳ Gusuku, các điểm định cư đã được hình thành trên những đỉnh núi của hòn đảo. Di chỉ Shima Nakamura là một ví dụ, và nó được biết đến là nơi sinh của người nữ tù trưởng nổi tiếng là San’ai Isoba.

Trong thời kì Vương quốc Lưu Cầu, Yonaguni đã trở nên thịnh vượng với vai trò là một trung tâm thương mại với Đài Loan. Trong Thế chiến II, và cho đến khi bị đặt dưới quyền kiểm soát của Chính quyền dân sự Hoa Kỳ tại quần đảo Ryukyu, số người liên quan đến hoạt động buôn lậu đã gia tăng. Dân số năm 1947 đã lên tới 12.000 và Yonaguni được hợp nhất thành một thị trấn, một cuộc truy quét nạn buon lậu đã dẫn đến việc suy giảm mạnh dân số.[1]

• 1522 Bị quân đội Lưu Cầu xâm chiếm và trở thành một bộ phận của Vương quốc Lưu Cầu.
• 1872 Vương quốc Lưu Cầu bị thủ tiêu; và thay thế là Phiên Ryūkyū (Lưu Cầu) được thành lập, hòn đảo trở thành một phần của phiên Ryūkyū
• 1879 Phiên Ryūkyū bị thủ tiêu và trở thành huyện Okinawa.
• 1908 Hệ thống đô thị đảo đã thay thế hệ thống magiri và Ishigaki-magiri, Ōhama-magiri, và Miyara-magiri cũng với đảo Yonaguni trở thành Yaeyama-son.
• 1914 Do sự phân chia Yaeyama-son, làng Yonaguni-son hình thành.
• 1948 Yonaguni-chō được hợp nhất thành một thị trấn.